Zatoki poprzez ujścia łączą się z jamą nosową, i podobnie jak ona, wyścielone są błoną śluzową. Kiedy transport śluzu zostaje zaburzony, dochodzi do stanu zapalnego. Zapalenie zatok to bolesne i uciążliwe schorzenie. Może być spowodowane infekcją wirusową, bakteryjną lub grzybiczą. Atakującymi wirusami są najczęściej: rhinowirusy, wirusy grypy i paragrypy. Natomiast ostre bakteryjne zapalenia zatok są wynikiem inwazji bakterii z gatunków: Streptococcus pneumoniae, Haemophilus infuenzae, Moraxella catarrhalis, Streptococcus pyogenes, Staphylococcus aureus. W przewlekłych stanach zapalnych obserwuje się, poza wymienionymi gatunkami, również obecność bakterii beztlenowych (Bacteroides, Fusobacterium, Peptostreptococcus).