SUSHI skrystalizowane

SUSHI skrystalizowane


Jak dobrze opublikować niepublikowalny wynik? Wystarczy dołożyć do niego analizę bioinformatyczną. O PR trzeba dbać, jak uczy codzienność…

Grupa francuskich uczonych z Uniwersytetu Paris 6 i CNRS w Roscoff uzyskała kryształ, i dzięki temu poznała w największych szczegółach molekularną strukturę enzymu. Enzym ów występuje u morskiego przedstawiciela bakterii typu Bacteroidetes, a należy do nowej grupy hydrolaz glikozydów zdolnych do trawienia porfyranów – wielocukrów charakterystycznych dla krasnorostów z rodzaju Porphyra. Wysiłek to był niemały, bo nie dość, że enzym reprezentował nową strukturalnie klasę, to udało się go skrystalizować wraz z cząsteczką substratu. Dla biochemii molekularnej taka analiza jest bezcenna. Ale dla świata?

Wynik wylądowałby w jakimś ściśle branżowym czasopiśmie krystalograficznym i tyle byśmy o nim usłyszeli, szczególnie że w dzisiejszych czasach analiza struktur to zabawa w modelowanie komputerowe, i w związku z tym znacznie powszechniej uprawiana – takie dane gromadzi się na gigabajty każdego dnia. Stało się jednak inaczej, i o skrystalizowanej glikozylazie udało się przeczytać nie tylko na łamach prestiżowego „Nature”, ale dodatkowo artykuł doczekał się specjalnego omówienia redakcji Nature (w rubryce „News&Views”). Co więcej, tytuł artykułu nie wspominał nawet o poznaniu struktury owego enzymu – i słusznie, kto by wtedy zwrócił na niego uwagę? A o PR, jak poucza dookolna codzienność, trzeba dbać.

TAJEMNICZE NORI
Dzięki zamiłowaniu do działań wirtualnych, francuscy uczeni podjęli się przeszukiwania rozrośniętych już dziś do niewyobrażalnych rozmiarów baz danych, zawierających sekwencje genomów bakteryjnych. A nori okazało się bardzo ważnym łącznikiem w prawdopodobnym łańcuchu zdarzeń przekazywania sobie nawzajem genów przez bakterie. Na co dzień zaś nori to skórka pokrywająca niektóre rodzaje sushi, a uzyskuje się ją właśnie z suszonych glonów, w tym z rodzaju Porphyra.

Nowo skrystalizowany enzym z bakterii Zobellia galactanivorans potrafi trawić, takie cukry i w tym celu w jego strukturze pojawia się specjalny i łatwy do rozpoznania motyw peptydowy. Uczeni zaczęli poszukiwać owego motywu w bazach danych innych sekwencji glikozylaz (taka dodatkowa praca dla podniesienia ewentualnego „impact factoru” publikacji) i spostrzegli z zaskoczeniem, że daje się go wykryć nie tylko w sekwencjach zdeponowanych dla genomów bakterii morskich – gdzie występowałyby wspomniane krasnorosty, a więc byłoby w bród substratu do trawienia – ale także w genomach bakterii zasiedlających… człowieka, np. całkiem zwyczajnej i powszechnej (jak sama nazwa wskazuje) bakterii jelitowej Bacteroides plebeius.

PLEBEJSKIE SUSHI
Uczeni analizowali, analizowali i okazało się, że wszystkie sześć dostępnych w bazach danych sekwencji genomów tejże bakterii pochodzi z izolatów z kału Japończyków. Co więcej, w odchodach tejże nacji wiele innych bakterii też ma motyw porfyrynazy. Gdy jednak w ten sam sposób przebadano mikrobiomy jelitowe Amerykanów z USA, nie wykryto motywu peptydowego poznanego wcześniej dzięki kryształowi enzymu i jego substratu. I tak nori stało się prawdopodobną, bez cudzysłowu, surową drogą przejścia morskich bakterii do jelit Japończyków, a genów tychże morskich bakterii do mikrobiomu jelitowego mieszkańców kraju kwitnącej wiśni. Same morskie bakterie raczej nie mogły trwale skolonizować ludzkich jelit, ale DNA potrafi przekraczać bariery, co wiemy już od czasów doświadczeń Griffitha oraz jego szorstkiego i gładkiego pneumokoka.

Trudno ustalić, kiedy się to stało, ale niewątpliwie ciągłe jedzenie pokarmu bogatego w owe wielocukry wzmacniało presję selekcyjną, gwarantującą więcej energii – a więc i więcej potomstwa – bakteriom wyposażonym w hydrolazę porfyryn. Środowisko i dieta kształtują się nawzajem, a następnie selekcjonują drogi ewolucyjne naszego wewnętrznego mikrokosmosu. To z kolei umożliwia nam czerpanie nie tylko przyjemności (co zależy od wysublimowania smaku i przyzwyczajeń dietetycznych), ale i energii z pożywienia, które inaczej byłoby dla nas pod tym ostatnim względem bezwartościowe.

Skoro aż tak bardzo różnorodne są nasze wewnętrzne mikrobiomy i skoro coraz więcej wiadomo o roli bakterii niemal dla każdego aspektu naszego życia i zdrowia, to czy nie czas dołączyć te dane genetyczne do osobistej i pełnej sekwencji własnego DNA, które – jak zapowiadają naukowcy – już wkrótce każdy z nas posiądzie, jako zaczątek nowej ery całkowicie spersonalizowanej medycyny?

PASAŻEROWIE NA GAPĘ
Powyższe oczywiście niech nas zbytnio nie trapi. My mamy na co dzień poważniejsze i przyziemne problemy z medycyną odhumanizowaną, niedowartościowaną i niedofinansowaną.

Wyobraźmy sobie jednak, że każda wycieczka w odległe strony, zajadanie się specjałami z obcych i mocno egzotycznych stołów, owoce, warzywa, słodycze – i jeden Bóg raczy wiedzieć co jeszcze – mogą wnosić do naszych przewodów pokarmowych takich bakteryjnych pasażerów na gapę. Oczywiście nie zawsze te przygody kończą się niestrawnością – bakterie nie muszą być patogenne, a pożywienie nie musi być złożone ze związków chemicznych, do których nasz aparat enzymatyczny nie ma jak się zabrać, a układ immunologiczny nie potrafi ich zneutralizować. Czasem możemy (a raczej nasze własne bakterie mogą) dostać w prezencie jakiś gen, który utrzyma się, o ile będzie przydatny i zapewni naszym bakteriom komensalnym jakąś ewolucyjną korzyść. Nie znaczy to, niestety, że będzie on na pewno korzystny dla nas – jak okazał się dla Japończyków gen porfyrynazy bakterii morskich.

Z drugiej strony, jesteśmy ludźmi Zachodu, już od kilkudziesięciu lat odżywiającymi się niemal sterylnie produktami przemysłu spożywczego pełnymi związków chemicznych, które nigdy nie występowały w naturze. Czy nasz wewnętrzny mikrokosmos ma w swym genetycznym bagażu stosowne geny, pozwalające mu przetrwać w tym nowym i nienaturalnym środowisku? Czy wewnętrznie jałowiejemy? I kto przejmuje tę jelitową próżnię (której, jak wiadomo, natura nie znosi)?

Nikt nie pyta Cię o zdanie, weź udział w Teście Zaufania!

To 5 najczęściej kupowanych leków na grypę i przeziębienie. Pokazujemy je w kolejności alfabetycznej.

ASPIRIN C/BAYER | FERVEX | GRIPEX | IBUPROM | THERAFLU

Do którego z nich masz zaufanie? Prosimy, oceń wszystkie.
Dziękujemy za Twoją opinię.

POLECANE DLA CIEBIE

START TYPING AND PRESS ENTER TO SEARCH