Dotychczas przyczyn objawów zespołu nadwrażliwego jelita doszukiwano się w psychice chorego. Dziś już wiemy, że winne są zaburzenia mikrobioty jelitowej. W dodatku zespół jelita nadwrażliwego (IBS) to nie jedna choroba, lecz zespół wielu objawów o różnych przyczynach. 

Główne kryteria jego rozpoznania to przewlekłe zaburzenia rytmu wypróżnień i przewlekłe bóle brzucha, ale i inne przyczyny dolegliwości ze strony układu pokarmowego,